31 декабря 1229 года арабский город Медина Мальурка, так называлась при мавританской власти Пальма, сдался королю Арагону Хайме I Завоевателю. С этого момента началось обращение мусульманской Пальмы в христианскую. Одну за другой все мечети города сжигали или перестраивали в христианские церкви. Обновленный город первоначально был разделен на два прихода: Сан-Мигель и Санта Эулалия, которые действовали не только как духовные центры, но также в качестве административных центров.
Сразу после Реконкисты острова на Мальорку прибыла конгрегация монахов-францисканцев. После недолгих переездов с места на место они обосновались в этом монастыре, дав ему имя основателя своего ордена. Строительство монастырского комплекса началось в конце XIII века, а базилики — в 1281 году, и продолжалось около 100 лет.
На данный момент монастырь святого Франциска — это комплекс, образованный малой базиликой с таким же именем, собственно монастырем и несколько отдельно стоящими зданиями. Эти постройки и пространство монастыря в целом делят между собой церковь, школа и культурный центр.
14 мая 1943 года Папой Пием XII этот храм был объявлен малой базиликой — в католицизме это титул для особых церквей. Всего около полтора тысяч храмов во всем мире, прежде всего исторически значимые и паломнические, имеют этот статус. Он отмечает особый статус базилики, и дает ей ряд привилегий по сравнению с рядовыми церквями. Например, в малой базилике может быть дарована полная индульгенция, то есть отпущение грехов, служащие в ней священники имеют право на особое облачение, а в интерьере традиционно устанавливается архаичный вариант знамени церкви в виде полосатого красно-желтого конического навеса — умбракулум на латыни, то есть "зонт". Он же изображается на гербе базилики.
Внешний вид здания не оригинальный — прежний, готический фасад был сильно поврежден молнией в XVI веке. Интерьер также не избежал повреждений, так что вскоре начались работы по реконструкции. Фасад был так же переделан. Новый был оформлен в стиле барокко, а автором стал Франсиско де Эррера, известный испанский художник и архитектор второй половины XVII века.
На фасаде прямо над входом красуется огромная роза с витражами и тончайшей резьбой. Стоит обратить внимание также на тимпан, то есть внутреннее оформление фронтона над дверью. По краям он богато декорирован барочным орнаментом, а в центре представлено изображение Непорочного зачатия со скульптурами Богородицы, голубя как персонификации Святого духа, и ангелов.
По бокам вход "охраняют" святые Доминго и Франциск — христианские сподвижники и основатели монашеских орденов, которые, по мнению многих историков, оказали наибольшее влияние на развитие христианства и европейского общества в целом. Заслуга этих орденов состояла в том, что они вернули в погрязшую в роскоши и стремлении к светской власти церковь обеты бедности, скромности и смирения.
Венчает вход изображение святого Георгия, Сан-Хорхе по-испански, убивающего дьявола-дракона. Оно появилось на церкви потому, что какое-то время о ней заботилось Братство Святого Георгия.