Самая старая церковь Парижа высится на том месте, где Хильдеберт, король франков из династии Меровингов, в середине I века возвел базилику. Из военного похода король привез кусок туники святого Викентия. Сначала король хотел прикрепить эту реликвию к воротам Парижа, где она бы символизировала его могущество.Но епископ Герман Парижский посоветовал Хильдеберту построить для этой цели церковь. Так появилась Сен-Жермен, названная в честь того самого епископа.Здесь до конца VII века хоронили королей из династии Меровингов.
В VIII веке церковь стала аббатством монахов-бенедиктинцев. А в IX веке Сен-Жермен ждали суровые времена. Именно тогда случилось событие, именуемое во французской истории «ярость викингов»: по Сене поднялись викинги и безжалостно разграбили город, сжигая и разрушая всё на своем пути. Не пощадили викинги и аббатство Сен-Жермен. Потом его отстроили заново, но оно оказалось за крепостной стеной. Так и появилось сегодняшнее название - аббатство Сен-Жермен-де-Пре, то есть аббатство Святого Германа в Лугах. Аббатство было одним из самых внушительных в мире, подчинялось папе римскому и руководило 17.000 монастырей по всей Европе.
Сегодняшнее здание церкви включает в себя элементы нескольких архитектурных эпох - романского и готического. Так, колокольня и неф - вытянутое пространство церкви - относятся к романскому стилю. Объясняется это достаточно просто: нынешнее здание было возведено примерно в конце XI века, а затем несколько раз перестраивалось.
Следующий темный период в истории аббатства случился во времена Французской революции. Тогда здесь находилась тюрьма, в которой казнили более 200 священников. Затем в церкви устроили склад селитры - горючей жидкости, которая была необходима для производства пороха. Это и погубило аббатство: однажды селитра воспламенилась, и здание вместе с одной из лучших на тот момент библиотек Парижа сгорело. Оставшаяся часть простояла до XIX века, а затем была передана церкви и полностью восстановлена. От когда-то величественного аббатства осталась всего одна церковь. Реликвии перенесли из церкви Сен-Жермен в пригород Сен-Дени, где располагается одноименный собор. В Сен-Жермен осталась единственная реликвия - сердце выдающегося математика Рене Декарта. Он умер в Швеции и был похоронен там же. Революционеры перезахоронили великого француза в Пантеоне, а его сердце осталось лежать в церкви Сен-Жермен-де-Пре.