Большие мечети обычно строились с внутренним двором, который прекрасно способствует смягчению летней жары, а также служит местом сбора верующих и подготовки к молитве. Во двор мечети Султанахмет, почти квадратный и равный по размерам внутреннему помещению мечети, можно зайти через любые из трёх ворот. В центре двора на шестиугольном основании располагается традиционный фонтан – шадырван – используемый для совершения омовения. Также ритуал омовения можно совершить, воспользовавшись многочисленными краниками вдоль стен мечети. По периметру двора расположено в общей сложности 26 колонн из гранита, перекрытых небольшими куполами.
Из внутреннего двора можно попасть непосредственно в молитвенный зал, вход в который до половины закрыт свисающим зеленым полотном - это традиционный цвет ислама. Ступая под зеленый занавес, каждый входящий в мечеть склоняет голову перед Аллахом.