Район вокруг Дома Инвалидов постепенно превращался из окраинного пригорода Гренель в фешенебельный парижский округ. В конце XVIII века он продолжал расти, и все чаще заходили разговоры о необходимости новой церкви, которая бы вместила всех желающих прихожан. В то время 2 больших храма – Сен-Сюльпис и Святого Фомы Аквинского были закрыты. Верующим приходилось собираться в небольшой часовне. В начале XIX века был основан новый приход, а вскоре найдено место для нового храма. Строительство церкви Святого Франсуа-Ксавье началось в середине XIX века. Возглавил его архитектор Адриен Люссон, выбравший в качестве образца для подражания римский стиль. При строительстве использовалась новая технология - несущий металлический каркас, что позволяло вести работы в 2 раза быстрее, сделать стены церкви солиднее и, что немаловажно, значительно снизить стоимость проекта. После смерти Люссона курировать работы поручили другому архитектору, Жозефу Ушару.
Приход Сен-Франсуа-Ксавье был к окончанию строительства одним из самых богатых в Париже. Оформление интерьеров завершили благодаря многочисленным пожертвованиям. Например, один из прихожан подарил церкви картину «Тайная вечеря» Танторетто, другие - полотно «Отдых на пути в Египет» Луи Флашерона, и несколько работ Жюля Делоне. Через несколько лет после открытия в храме был установлен величественный орган.
Храм был назван в честь святого Франсуа-Ксавье. Он необычайно почитаем католической церковью. Испанец Франсуа-Кзавье приехал учиться в Парижский университет, где и познакомился с Игнатием де Лойолой. В 1534 году друзья принесли обет бедности и целомудрия в Часовне Мучеников на Монмартре. Так они основали Общество Иисуса, вошедшее в мировую историю как орден иезуитов. Позже Франсуа-Ксавье отправился странствовать и был проповедником в Азии – он читал проповеди в Японии, Китае, Индии, Индонезии. За время своих путешествий монах обратил в христианство тысячи язычников. Слава о нем была так велика, что говорили даже, что он исцелял больных и воскрешал умерших. Франсуа-Ксавье умер от лихорадки и был похоронен в Гоа. Парижская церковь, названная в его честь, бережно хранит воспоминания о деяниях святого – на фасаде изображено, как Франсуа-Ксавье крестит жителей Индии и Японии. Церковь является действующей и сегодня.