На рубеже XVII и XVIII веков в Градчаны прибыл женский монашеский орден урсулинок, имевший целью попечение о больных и бедных и обучение молодых девушек. Орден назван по имени святой Урсулы. Они построили здесь свой монастырь, второй - в Праге (первый находится на Новом Месте пражском). Кстати сказать, одна из монашек урсулинок сыграла важную роль в канонизации святого Яна Непомуцкого. Она поклялась, что чудесным образом исцелилась после молитвы Яну Непомуцкому. Это было первое из чудес этого святого. Поэтому было принято решение о строительстве костела, освященного в его честь.
Святой Ян Непомуцкий в XIV веке, в неспокойное время разногласий короля Вацлава IV и церкви, был главным викарием пражского архиепископа. Одни источники видят причину конфликта короля с викарием в том, что последний критиковал короля. Другие — в том, что он якобы не хотел раскрыть королю тайну исповеди его супруги, королевы Жофии. Католическая церковь склоняется к последнему доводу, потому что король лично прижигал факелом бок Яну Непомуцкому, чтобы добыть нужные ему сведения. В итоге Яна Непомуцкого сбросили в реку Влтаву с Карлова моста. После смерти Яна Непомуцкого архиепископ подал в Рим жалобу на короля и прошение, в котором представил Яна как мученика. Святого Яна Непомуцкого канонизировали в XVIII веке. А строительство костела в монастыре урсулинок было закончено еще за год до его канонизации.
Костел построен в барочном стиле, его венчает башня с часами. Свод внутри покрыт фресками, на которых изображен святой. Над алтарем – сцена захвата в плен Яна Непомуцкого.