На месте, где сегодня стоит храм Спирито-Санто-деи-Наполетани, в веке стояла церковь Сант-Эустерио. Папа Пий XV передал ее под руководство Неаполитанскому Братству Святого Духа, которое снесло старое здание, построив новое и назвав храм в честь своей организации. Над церковью активно работали архитекторы XVI и XVII века, а фасад и портал были снова перестроены в середине XIX столетия архитектором Антонио Чиполла. Он же добавил и розу с белым голубем в центре фасада.
Из наиболее знаменитых художников, работавших в церкви, можно отметить тосканца Доменико Гвиди, чей надгробный памятник кардинала Де Лука стоит в капелле справа, а также неаполитанца Лука Джордано, чья картина покровителя Неаполя, "Святого Януария", висит в капелле слева. Маленький купол над алтарем расписан художником Джузеппе Пассери. Тема фрески: "Святая Троица с ангелами и римскими святыми”.
Но эта скромная, не очень известная церковь славится не только своей архитектурой и произведениями искусства, украшающими ее интерьер, а еще и тем, что в течение 50 лет, с 1934-го года по 1984 год в ней были захоронены последние монархи Королевства Обеих Сицилий, Король Франциск II Бурбонский, его супруга, Королева Мария София Баварская, и их дочь, Мария Кристина Пия.
Несмотря на то, что сегодня в местных школах преподносят итальянское объединение как мирное и согласованное, королевство Обеих Сицилий никогда не признавало савойское господство. Франциск имел робкий, замкнутый и чрезвычайно религиозный характер. Когда в 1860-м году на Сицилии вспыхнуло восстание против его власти, а затем на остров приплыл Гарибальди с его "тысячей" и направился в сторону Неаполя, король растерялся. Увидев, как легко и почти без препятствий продвигаются войска Гарибальди, Франциск бежал в город Гаэта, а его армия практически в полном составе сдалась на милость победителя. Когда через несколько месяцев сдалась и Гаэта, последний неаполитанский король поселился в Риме, в Палаццо Фарнезе. Там он прожил с супругой до 1870-го года, до момента, когда в город вошли савойские войска и завершили объединение Италии. В Риме у монархов родилась дочка, прожившая только три месяца. Ее похоронили в Церкви Спирито-Санто-деи-Наполитани, на Виа Джулии. После окончательного объединения страны, король с королевой скитались по Франции, Австрии и Баварии. Похоронить себя они завещали рядом с дочерью. В 1984-м году останки королевского семейства перевезли в родной Неаполь и захоронили в Базилике Санта Кьяре, а затем перенесли в Спирито-Санто-деи-Наполетани.