Церковь Рождества святого Иоанна Предтечи - это единственная на Каменном острове церковь. Её заложили во второй половине ХVIII века и по окончании строительства освятили в память Рождества Иоанна Предтечи. Построена она была для будущего императора Павла I в то время, когда остров стал его собственностью. Павел часто посещал храм, иногда сам поднимался на хоры и пел вместе с певчими.
Цесаревич Павел Петрович оказался оригинален в выборе художественных форм для своей церкви. Здесь мы видим неоготическую стилизацию под западноевропейскую капеллу. Выбор неоготического стиля вполне соответствовал вкусам наследника престола, интересовавшегося западноевропейским культурным наследием. Кроме того, Павел с детства бредил рыцарскими идеалами. Позже Павел I передал церковь Мальтийскому ордену, и здесь стали хоронить его кавалеров. При Александре I кладбище было закрыто, а церковь перешла к Каменноостровскому дворцу.
Скромное во внешнем убранстве здание такое же и внутри. Нет привычной для православия роскоши и позолоты. Побеленные стены и иконы – вот и все убранство церкви. Небольшой деревянный иконостас также слегка стилизован под готику. Балкон на хорах имел ажурную решетку, — единственный элемент внутреннего убранства, сохранившийся до наших дней.
С этой церковью связано много исторических событий.
Иконой святых пророка Елисея и мучеников Адриана и Наталии, которая хранилась здесь, Екатерина II благословила наследника престола Павла Петровича на бракосочетание с Вильгельминой Гессенской (в православии великой княгиней Наталией Алексеевной).
В 1812 г. во время войны с Наполеоном, император Александр I часто молился в этой церкви. Здесь ему была поднесена икона Толгской Божией Матери, которая сопровождала его во всех походах. Здесь во время молитвы он узнал о Бородинском сражении.
Здесь крестили троих детей Александра Сергеевича Пушкина. По преданию, Пушкин посетил эту церковь и перед роковой дуэлью с Дантесом, следуя в условленное место за Чёрной Речкой.
После революции церковь Рождества Иоанна Предтечи довольно долго продолжала быть действующей. Но в 1937 г. ее закрыли. Здесь разместилась скульптурная мастерская, а после - спортивный зал санатория военных лётчиков.
В 1990 г. церковь возвратили верующим. Теперь в ней ежедневно идут службы. Заново был создан иконостас. В 2003 году храму была передана главная святыня – доставленная из Иерусалима частица мощей Иоанна Предтечи.
Десять лет назад рядом с церковью Иоанна Предтечи по проекту архитектора В. С. Васильковского была построена часовня. В ней хранится икона "Всецарица".