Напротив (справа от главной аллеи) Вы увидите кладбище, на котором хоронили комендантов Петропавловской крепости, скончавшихся на этом посту. Должность коменданта крепости существовала на протяжении более чем двух столетий, и являлась ответственной, почетной, а нередко и пожизненной. Комендант должен был постоянно находиться на территории крепости. Если так случалось, что он умирал в должности, его хоронили здесь же, на месте службы.
Самым первым комендантом Петропавловской крепости был соратник Петра Великого генерал Карл Рене, но он умер и похоронен в Польше. Первая могила появилась на кладбище в 1720 году, она принадлежит второму коменданту крепости – Роману Брюсу, старшему брату знаменитого Якова Брюса, легенды о магических способностях которого до сих пор популярны. Представители знатного шотландского рода Брюсов, оба брата родились в Москве и с детства оказались в «потешных» войсках Петра. Однако потеха переросла в настоящее увлечение военным делом, и вскоре братья стали сопровождать царя уже в реальных военных походах.
Роман Брюс очень много сделал для молодого Санкт-Петербурга, а основным памятником его деятельности на посту коменданта крепости являются её каменные укрепления, построенные под его руководством на месте дерево-земляных.
С момента появления первой могилы и до революции 1917 года на комендантском кладбище похоронили 19 человек.
Кладбище хорошо сохранилось. Православные и протестанты лежат рядом, но захоронения сгруппированы по времени. Надгробия XVIII века расположены напротив центра восточной стены собора на самом нижнем уровне, XIX – на среднем уровне в южной части кладбища, а могилы XX века – на современном уровне, в северо-западной части.