В начале нашей прогулки мы видели кладбище, на котором хоронили комендантов крепости. Как уже было сказано, коменданты должны были неотлучно находиться при крепости.
Первоначально дом, построенный для размещения коменданта, был деревянным, но позже был перестроен в камне в стиле, получившем название «петровское барокко» и сохранивший все черты этого стиля. Комендантский дом является ещё одним выразительным образцом дома, характерным для петровского Петербурга. Для него характерны простота планировки, контрастные стены и плоскостной декор - белые наличники окон, белые же полосы рустовки.
По плану здание напоминает типовые постройки того времени – например, гостиные или почтовые дворы. В таких постройках внешние стены по периметру ограничивали внутренний двор. В начале XXI века дворик Комендантского дома был перекрыт стеклянным куполом.
Значительную часть дома занимала квартира коменданта, где он жил со своей семьёй. Здесь также находилась канцелярия, занимавшаяся всей документацией. После того, как Петропавловская крепость стала политической тюрьмой, здесь решались вопросы заключённых. Так, декабристы, приговорённые к повешению, выслушали свой приговор именно здесь. Приговор был приведён в исполнение на противоположном берегу Кронверкского протока, огибающего крепость с севера, на восточном валу Кронверка. Ныне то место отмечено обелиском. Больше об истории крепости как политической тюрьмы можно узнать у Трубецкого бастиона.
Сейчас в здании располагается интересный музей, посвящённый истории Санкт-Петербурга.