Пройдя от бастиона к куртине, мы обнаружим строгие ворота. Со стороны крепости мы снова видим дату - 1787. Это год, в который закончилась окончательная перестройка ворот по проекту архитектора Николая Львова. В этом виде ворота дошли до наших дней. Проект должен был отвечать самому взыскательному вкусу, ведь ворота украшали куртину, смотрящую на Зимний дворец. Соответственно, и обратный вид от Зимнего дворца на крепость должен был быть очень достойным. Безупречное мастерство Львова сделало своё дело.
Основная задача была связана с видом ворот со стороны Невы, а не со стороны крепости. Львов продумал пропорции ворот таким образом, что они зрительно выделялись на фоне крепостных стен при взгляде с другого берега Невы, выглядели монументально и строго. Ворота выше крепостных стен, что акцентирует на них внимание. Кроме того, архитектор украсил их мощными колоннами, связанными гранитными блоками, что придаёт воротам дополнительный акцент. Фронтон украшает якорь, ведь Невские ворота - единственный выход из крепости к Неве. По углам фронтона установлены две декоративные бомбы с язычками пламени - символ боевой славы русского флота. Эти декоративные детали придают воротам торжественный характер, делая их триумфальными воротами, прославляющими победы русского оружия.
В народе ворота получили также название «ворота смерти». На территории Петропавловской крепости никогда не приводились в исполнение смертные приговоры. Приговор этот осуществлялся либо на плацу Семёновского полка, либо в Шлиссельбургской крепости. Узников, приговорённых к смерти, выводили на пристань, а далее по воде переправляли к месту казни.
Гранитная пристань очень хорошо сочетается с воротами, она получила название Комендантская - из-за того, что со второй половины XIX века здесь постоянно стоял дежурный катер коменданта крепости.
Длительное время Невские ворота были своеобразным стражем города. Вблизи них на нескольких сваях был прикреплен футшток, который служил для систематического наблюдения за уровнем воды. Так Невские ворота превратились в символ противоборства города с наводнениями. Об этом свидетельствуют три памятные доски, прикрепленные в проходе. Линии подъема воды и надписи на мраморных плитах напоминают о наводнениях 1744, 1752, 1777 и 1824 годов. Золоченая медная доска, фиксировавшая подъем воды 7 ноября 1824 года, напоминает об одном из самых страшных наводнений в Петербурге. Именно его описал Александр Пушкин в «Медном всаднике»:
"Ужасный день!
Нева всю ночь
Рвалася к морю против бури,
Не одолев их буйной дури...
И спорить стало ей невмочь...
Поутру над ее брегами
Теснился кучами народ,
Любуясь брызгами, горами
И пеной разъяренных вод.
Но силой ветров от залива
Перегражденная Нева
Обратно шла, гневна, бурлива,
И затопляла острова,
Погода пуще свирепела,
Нева вздувалась и ревела,
Котлом клокоча и клубясь,
И вдруг, как зверь остервенясь,
На город кинулась. Пред нею
Всё побежало, всё вокруг
Вдруг опустело — воды вдруг
Втекли в подземные подвалы,
К решеткам хлынули каналы,
И всплыл Петрополь, как тритон,
По пояс в воду погружен."
Инженеры уверяют, что в настоящее время город полностью избавлен от угрозы наводнений, так как комплекс защитных сооружений, коротко именуемый дамбой, наконец, закончен, и в случае необходимости защитит Санкт-Петербург от нагонной волны. Так, начавшись более 300 лет назад на маленьком островке, Санкт-Петербург продолжает расти и развиваться, опровергая страшное пророчество о том, что «Петербургу быть пусту».