Еще одно здание, которое входит в ансамбль Стрелки Васильевского острова, - это Новобиржевой Гостиный двор. Он построен по проекту Джакомо Кваренги. Гостиным двором называли место, где жили и вели торговлю приезжие купцы (или, как их называли на Руси, "гости"). Наряду с Биржей, пакгаузами и Таможней это здание было необходимо для обеспечения работы петербургского порта.
Новобиржевой Гостиный двор был построен напротив Старого гостиного двора, спроектированного ещё Доменико Трезини. Однако трезиниевское здание сильно пострадало от пожара, а ещё позже его сломали, чтобы освободить место для других построек. До нашего времени сохранился небольшой фрагмент Гостиного двора Трезини. Это двухэтажная стена жёлтого цвета. Под ее отслоившейся штукатуркой можно увидеть старинную кирпичную кладку.
Новобиржевой гостиный двор напоминает планировкой старый, трезиниевский: вытянутое прямоугольное здание с аркадой и внутренним двором. Внутренний двор предназначался для размещения товара, а аркада - для ведения торговли. Это типичная планировка для торговых учреждений того времени. И Апраксин, и Большой гостиный двор на Невском проспекте спроектированы так же.
В XX веке здание было надстроено ещё одним этажом. Внутренние интерьеры были переделаны, в восточной части появились вестибюль, а над ним - большой лекторий на 400 мест.
В здании разместились исторический и философский факультеты петербургского Университета. В этих стенах учились Иван Тургенев, Николай Чернышевский, Лев Гумилёв, Айн Рэнд.