Здание Двенадцати коллегий - одна из самых первых каменных построек на Васильевском острове. Его начали строить ещё в петровские времена. Петр видел Васильевский остров административным центром города, поэтому размещал на нём правительственные учреждения. В этом здании должны были расположиться 12 коллегий - главный орган управления страной. Он был создан Петром на основе боярских приказов. Каждая из коллегий ведала отдельной отраслью. Например, коллегия чужестранных дел отвечала за внешнюю политику, мануфактур-коллегия - за промышленность, коммерц-коллегия - за торговлю.
Здание для коллегий проектировал первый архитектор Санкт-Петербурга - Доменико Трезини. Оно представляет собой двенадцать одинаковых по размерам и архитектуре трехэтажных корпусов, соединенных между собой. Каждый корпус имел свой отдельный вход. Архитектура здания глубоко символична: она отражает самостоятельность каждой коллегии и вместе с тем подчеркивает их взаимосвязь при решении государственных задач. Именно эта идея - взаимосвязь и единство - принесла победу Доменико Трезини на конкурсе проектов. Кроме того, проект был экономичен, что пришлось по душе царю.
В отличие от прочих зданий на набережной, здание Двенадцати коллегий смотрит на Неву не главным фасадом, а торцом. Это может показаться неким упущением, так как с реки нельзя полюбоваться парадным фасадом здания. Есть даже городская легенда, объясняющая такое расположение здания. Отбывая из Петербурга по неотложным делам, Пётр доверил своему ближайшему сподвижнику и первому губернатору города, Александру Даниловичу Меншикову, заложить здание для коллегий. Оставшуюся землю Петр разрешил Меншикову забрать себе под строительство дворца. Меншиков был очень сметлив и своей выгоды никогда не упускал. Доходило даже до неприкрытого воровства из государственной казны. В этот раз Меншиков снова сообразил, что если здание для коллегий будет стоять главным фасадом к Неве, то места на набережной совсем не останется, а дворец себе губернатор собирался строить весьма пышный. Так и решил Александр Данилович вывести здание не фасадом, а торцом к Неве. На оставшейся земле он незамедлительно начал строить шикарный дворец. Когда император вернулся на берега Невы и увидел произошедшее, он так разозлился, что схватил Меншикова за воротник и протащил вдоль всего здания, нещадно колотя дубинкой.
Эта легенда, несмотря на свою красочность и живо переданные характеры участников, на деле остаётся лишь легендой. А странное на первый взгляд расположение здания имеет подлинную причину. Первый архитектор Санкт-Петербурга Доменико Трезини разработал план города в соответствии с представлениями Петра. На Стрелке должна была размещаться главная городская площадь, ядро всего города. Именно на неё и должно было смотреть здание Двенадцати коллегий. Сама же площадь должна была носить название "Коллежская". Не стоит упускать из виду, что Стрелка тогда не была застроена, и главный фасад здания Двенадцати коллегий был хорошо виден с Невы. Однако планам Трезини и Петра I не суждено было осуществиться. После смерти императора Васильевский остров пришёл в запустение, а главной со временем стала Дворцовая площадь на противоположном берегу Невы. На месте предполагаемой Коллежской площади построили здание повивального института. Ныне это - Научный институт акушерства и гинекологии им. Отта.