Центральную часть здания Конюшенного ведомства занимает церковь. Догадаться об этом с первого взгляда не так просто. Лишь пологий купол наверху и религиозная тематика барельефов являются подсказкой. Церковь появилась здесь ещё в XVIII веке. Тогда служители Конюшенного ведомства изъявили императрице Анне Иоанновне желание иметь собственный храм. Изначально он был деревянным, а позже его перестроили в камне. Освятили его во имя Спаса Нерукотворного образа. Эта икона стала главной святыней храма. В народе же церковь стала называться просто – Конюшенной.
Архитектор Стасов в процессе реконструкции всего комплекса Конюшенного ведомства преобразил и вид церкви. Она стала центром композиции. Стасов сделал ее монументальной и выделил пологим полукруглым куполом. Её стены украсили барельефы. Здесь изображён вход в Иерусалим и несение креста.
Волею судьбы церковь стала последним прибежищем души великого русского поэта Александра Сергеевича Пушкина. После роковой дуэли ещё живого поэта привезли в его квартиру на Мойке. По нынешним временам рана Пушкина не является смертельной. Но тогда надежд на благоприятный исход не было. Оперировать рану было невозможно. Послали за священником. Им оказался настоятель Конюшенной церкви. В этой же церкви и назначили панихиду после смерти поэта.
Смерть Пушкина вызвала большой резонанс в обществе. Извозчикам в тот день было достаточно сказать: "К Пушкину", и они везли пассажира сюда, на площадь. Однако народ в церковь не пускали. На панихиду были допущены только близкие друзья. Власти опасались демонстрации. Поэтому после службы гроб с телом Пушкина был тайно отправлен к месту погребения – в Светогорский монастырь.
"Его уж нет. Младой певец
Нашел безвременный конец!
Дохнула буря, цвет прекрасный
Увял на утренней заре,
Потух огонь на алтаре!"
Это - строки из романа Пушкина "Евгений Онегин", где по сюжету его коллега по цеху, поэт Владимир Ленский погибает на дуэли с Онегиным.
После революции судьба церкви не стала исключением из общего правила. Большевики были беспощадны ко всему, что имело отношение к религии. Даже память о Пушкине не стала препятствием тому, чтобы церковь закрыли, а её последнего настоятеля арестовали. В течение многих лет здание занимали различные учреждения и организации. Здесь, например, находился "Ленгидропроект". Вместо креста на куполе возвышалась антенна. Церковные иконы были утрачены, бронзовая люстра перевезена в здание Адмиралтейства.
Однако в конце XX века церковь восстановили. Вернули на место люстру, на куполе установили крест. "Балтийский завод" изготовил для храма точную копию уникального колокола, который был уничтожен после революции. Сейчас церковь принадлежит Санкт-Петербургской епархии. Ежегодно в ней проводятся молебны в память об убиенном поэте Александре Пушкине.