Главная отличительная особенность храма — его многочисленные вершины-святилища. Когда-то их было по разным данным от 42-х до 54-х, сейчас осталось только 37. Каждая такая вершина украшена четырьмя ликами, смотрящими на разные стороны света. Какое бы положение в пространстве ни занял бы посетитель храма, ему всегда будет казаться, что на него смотрит один из них. Избежать их пристально-внимательного взгляда невозможно.
По одной из версий, это изображения самого короля Джаявармана VII. Правитель считался всемогущим, всевидящим, всезнающим, и лики подчёркивали это. По другой версии, каждая такая башня связана с одной из провинций Ангкорской империи, которых тогда было 54. Если башен было 54, то логично было бы предположить, что лики короля обозревали все части государства.
Особенность ликов на башнях Байона заключается в том, что они изображают разные эмоции. Один явно улыбается, другой грустит, а третий рассержен или смотрит с угрозой. Конечно, это легко объяснить тем, что в их создании принимали участие разные мастера, однако большинство современных учёных сходится во мнении, что в этом есть определенный замысел. Если выбрать один лик и наблюдать за ним, то можно заметить, что с изменением угла зрения или освещённости будет казаться, что он меняется.
Среди исследователей Ангкора до сих пор нет единого мнения, кто же на самом деле запечатлён на ликах Байона. Основная версия гласит, что в этих каменных ликах правитель изобразил самого себя, отчаянно пытаясь победить конечность человеческой жизни и достигнуть бессмертия хотя бы в камне. По другой, это изображения бодхисаттвы сострадания Авалокитешвары. В буддизме махаяны, ставшим государственной религией Ангкорской империи во время правления Джаявармана VII, боддхисатвами называются те, кто достиг просветления и мог бы навсегда выйти из круга воплощений, но сознательно остаётся на Земле, возвращаясь сюда снова и снова. Сердце их переполнено состраданием и любовью ко всем живым существам, потому они протягивают руку помощи всем, кто готов её принять. Таким бодхисаттвой и является Авалокитешвара, воплощение бесконечного сострадания всех будд. Он проявляется в разных формах и под разными именами. Вместилищем духа Авалокитешвары считается Далай-лама.
Как рассказывает легенда, однажды Авалокитешвара дал обет спасти всех живых существ от пут материального мира. Но, впитывая в себя невыносимые страдания, его физическое тело не выдержало: голова Авалокитешвары раскололась на одиннадцать частей. Тогда ему было дано новое тело, с тысячью руками и одиннадцатью головами, чтобы хватило сил помочь каждому страдающему. Считается, что в ликах Байона и запечатлён Авалокитешвара. Есть версия, объединяющая первые две: это, действительно, Авалокитешвара, но с чертами лица короля Джавармана VII, тем самым культ дева-раджи, бога-царя, сменялся в Камбодже культом царя-будды.
На лбу некоторых ликов можно увидеть отчётливые изображения ромбов. Из-за них долгое время шли споры о дате постройке этого храма и его предназначении. Ромбы служили символом третьего глаза Шивы, поэтому на протяжении многих лет считалось, что это изображения Шивы и храм относится к IX веку, то есть к индуистскому периоду. Однако сейчас общепринятым является буддийский характер храма. Ромбы же объясняются тем, что после смерти Джаявармана VII, началась гражданская война, вызванная религиозными причинами. Индуистские жрецы были недовольны тем, что их оттеснили на второй план и попытались восстановить свои позиции. Им это удалось, поэтому многие буддийские храмы были опять преобразованы в индуистские. Будд уничтожали и заменяли на изображения Шивы. Такая же участь постигла и Байон, но чтобы не разрушать башни, на ликах были вырезаны символы Шивы. Между тем, это всего лишь догадки, и Ангкор продолжает хранить свои тайны.