История церкви Сан-Заккария полна перипетий. Первоначальная церковь была построена на этом месте в 829 году для хранения мощей Святого Захарии, отца Иоанна Крестителя, переданных городу византийским императором, Львом 5-м. Мощи сегодня покоятся в крипте. В храме также хоронили первых дожей Венецианской республики.
Каждый год 13 сентября в день годовщины освящения церкви дож вместе с Синьорией, его советом, обязан был посетить храм, а также расположенный при нем бенедиктинский монастырь. В середине 9 века его аббатиса подарила дожу Пьетро Традонико головной убор в форме рога, который стал символом дожеской власти. Поскольку этот женский монастырь считался самым престижным в городе - туда отдавали девушек исключительно из патрицианских семей, это спровоцировало слухи, что обитель превратилась в модный салон для светских развлечений.
Церковь Сан-Заккария дважды перестраивали: первый раз в начале 12 века, после сильного пожара; второй раз - в начале 16-го. Ее колокольня, возведенная в 12 столетии, является одной из самых старых в Венеции. Нижние два яруса фасада из истрийского мрамора в стиле раннего Возрождения, строились по проекту Антонию Гамбелло, а верхние - Мауро Кодуччи. Над главным порталом стоит статуя Святого Захарии, созданная в 16 веке скульптором Алессандро Виттория. Гробница этого мастера с бюстом-автопортретом, находится внутри церкви, в левом нефе.
В храме можно увидеть два шедевра. Алтарная картина Джованни Беллини «Мадонна с младенцем и святыми», законченная в 1505 году, настолько заворожила Наполеона, что после повторного завоевания Венеции, в начале 19 века, он увез ее с собой в Париж. Вернулась картина только через 20 лет, но не в первоначальном виде: если присмотреться, можно заметить, что верхняя часть доски была немного укорочена.
Второй шедевр – фрески в капелле Сан-Таразио, расписанной флорентинцем Андреа дель Кастаньо в середине 15 века. Фрески изображают Бога Отца и святых на фоне яркого лазурного неба, напоминающего солнечное летнее небо над бухтой Сан-Марко.