Левее от башни, в алтарной части собора можно увидеть маленькую капеллу. Подойдя ближе нетрудно разглядеть люк в полу. Там есть лестница. Ступени вниз ведут в катакомбы собора. Катакомбы расположены не только под самим собором, но и под несколькими соседними улицами. Изначально они задумывались, как знаменитые катакомбы в Палермо. Там на крючках, подвешенные за второй шейный позвонок, в самых лучших нарядах и с перстнями на пальцах висят некогда самые уважаемые жители этого города. Есть целые "аллеи" судей, нотариусов, врачей. Тела сохранились прекрасно и в бальзамировании не нуждаются, ведь температура воздуха под землей круглый год постоянна — 9 градусов тепла, благодаря чему тела самомумифицируются. При входе в катакомбы надпись: "На твоем месте когда-то был я, на моем месте когда-нибудь будешь ты".
В Вене задумывалось нечто похожее, но планам не суждено было сбыться. В XIX веке в соборе вспыхнул пожар. Он был таким сильным, что микроклимат катакомб нарушился, и тела, размещенные в подземных коридорах, не сохранились. От них остались только кости, они сейчас сложены горками в разных частях катакомб. Катакомбы открыты для посетителей, вход в них - из собора, но пройти разрешается только с проводником. Это - разумное требование, особенно если учесть, что заблудиться в катакомбах просто: все коридоры похожи между собой, никаких отметок и отличительных признаков. Везде мертвая тишина, то тут, то там встречаются горки белых костей. Жутковатое впечатление. Но любителей страшных историй по-прежнему много. В катакомбы спускаются еще и за тем, чтобы взглянуть — хоть одним глазком — на знаменитые бронзовые урны, установленные там. В них с XVII столетия и по сей день хранятся внутренние органы всех Габсбургов.
Здесь требуются некоторые пояснения. Традиция захоронения внутренностей появилась в XVII веке, благодаря императрице Анне. Анна была женщиной набожной, практиковала не только пост и молитву, но и самобичевание. В Императорской Сокровищнице до сих пор хранятся три из ее семи так называемых "дисциплин". Дисциплинами в то время называли шелковые кнутики с золотыми набалдашниками, которые предварительно в течение трех суток вымачивались в уксусе, прежде чем их можно было использовать. Почему уксус? Он не только усиливал болезненные ощущения, попадая в раны, но и обеззараживал свежие повреждения. У Анны их было по одному на каждый день недели. Но, несмотря на истую веру, на закате своей жизни Анна поняла, что основной ее грех так и не отмолен: она не смогла подарить своему супругу ни сына, ни дочери. И тогда она распорядилась, чтобы после смерти грех продолжали отмаливать три основные венские церкви. Для этого по ее просьбе после смерти тело ее разделили на части. С тех пор сердце императрицы в особой серебряной урне хранится в церкви святого Августина, внутренности, а также волосы, зубы и ногти, — в соборе Святого Стефана, а кости — в монастыре капуцинов. То, что современному человеку может показаться средневековой мракобесием, имело, между тем, особый смысл для людей той эпохи. Ведь они не разделяли духовное и физическое. И если в XVII веке человек говорил: "Сердцем своим я навсегда здесь", то понимать это надо было буквально.
Самые внимательные смогут увидеть на стене капеллы мемориальную доску, которая гласит, что именно здесь, в этой капелле, отпевали после смерти великого композитора Вольфганга Амадея Моцарта.