Самый большой в Австрии собор был изначально задуман как городской или приходской храм. Этим объясняется его внутренняя архитектура – собор имеет вытянутую форму и разделен рядами колонн на три нефа: Женский, Средний и Апостольский. Средний неф венчает главный алтарь, посвященный святому Стефану – покровителю собора. Алтарь изображает сцену мученической смерти святого, которого, согласно легенде, забили камнями у врат Иерусалима. Интересно, что художник, расписавший алтарь в XVII веке – Тобиас Пок - увековечил на нем и себя в виде человека с собакой. Статуи вокруг главного алтаря – святые и ангелы, а на прямоугольной иконе в верхней части главного алтаря изображена Богоматерь. Ближе ко входу в собор, в Среднем нефе, можно видеть церковную кафедру, созданную еще в конце XV столетия. Имя мастера до сих пор не известно. Долгое время считалось, что авторство принадлежит Антону Пильграму, который работал в это время над созданием внутреннего интерьера собора, но современные исследования опровергли этот факт. Кафедра – шедевр не только архитектурный, но и инженерный. Ее расположение позволяет священнослужителям, не используя микрофона и не напрягая голоса быть услышанными во всем соборе. Особый интерес представляют перила церковной кафедры, по поручню которых, как живые, ползут вверх ящерицы, змеи, жабы, земноводные. Эти фигуры призваны символизировать вечную борьбу добра со злом. Змеи и жабы, живущие в болотах и избегающие лучей солнца – зло, которому противостоит добро в виде ящериц и земноводных. Это сражение длится уже много веков, победитель неизвестен и создатель кафедры лишь констатирует этот факт, но не пророчествует – количество тех и других на перилах одинаковое.
Женский неф получил такое название не случайно: в средние века мужчины и женщины входили в собор через разные ворота и стояли во время богослужения по разные стороны от главного алтаря. Женщины - в женском нефе, входя через ворота северной башни, а мужчины – в апостольском нефе, входя через ворота южной башни. Женский неф завершает алтарь, созданный в XV веке. Алтарь представляет собой короб с открывающимися створками, в нижней части которого – хранилище для церковных реликвий. Роспись алтаря символична: когда он открыт, то можно видеть позолоченные фигуры святых на темном фоне, а если створки закрыты, то темные фигуры на золотом фоне. Закрывают алтарь на время поста и в предрождественское время. Тогда можно увидеть сцены страстей Христовых, в остальное время, когда алтарь открыт – изображение Богоматери со святыми женами.
В Апостольском нефе сегодня находится соборный орган, который был в него перенесен в 1991 году, для усиления акустического эффекта. Ближе ко входу в собор, в конце Апостольского нефа – чудотворная икона святой Марии Поч. Икона названа так по месту происхождения – местечку Поч, в Венгрии.