Изюминкой и признаком особого шика с XVI столетия стало содержание в парке редких и экзотических животных. Это было не только данью моде и показателем богатства двора. Со временем все сильнее проявлялся научно-исследовательский интерес к представителям фауны. Первым зоопарком в Европе по праву считается так называемый Версаль менажери, построенный в XVII веке во Франции. Он представлял собой центральный павильон, от которого, подобно солнечным лучам, уходили радиальные аллеи, ведущие к клеткам и дворикам со зверями. Эту идею заимствовал один из придворных, военачальник принц Евгений Савойский, он приказал соорудить точную копию зоопарка в своем дворце Бельведер. Затея пришлась по душе императору Францу Штефану Лотарингскому, который, однако, решился на постройку зоопарка не столько с целью развлечения знатной публики, сколько ради научного интереса.
Эскиз для этой части парка датируется 1751 годом,он подписан именем архитектора Николаса Ядота. В том же году были созданы 13 помещений для животных, а центральный павильон построили лишь спустя 8 лет. Загоны для животных были отделены друг от друга каменной стеной, а та часть, которая выходила на павильон – железной решеткой. По бокам каждой решетки стояли колонны, украшенные вазами и скульптурами с изображением зверей. В глубине каждого из загонов, многие из которых были оснащены фонтанами с проточной водой, были так называемые ложи – сооружения, куда зверей загоняли ночью. В глубине зоопарка находится двухэтажная постройка, а рядом с ней расположен небольшой пруд. Здание служило несколько столетий домом ночным сторожам, а в пруду жили водоплавающие птицы.
В центральном павильоне императоры любили завтракать, отчего и сегодня его часто называют "Павильон для завтраков". Благодаря его круглой форме, можно было в зависимости от настроения выбирать, каких животных хотелось бы наблюдать во время еды. В плохую погоду можно было трапезничать внутри, где стены были украшены изображениями зверей и птиц, причем не только тех, которые жили в зоопарке , но и более экзотических. Количество животных в парке росло в арифметической прогрессии – их покупали и дарили. Долгое время, правда, все это многообразие было доступно только представителям императорской семьи и их гостям. Для широкой публики зоопарк торжественно открылся только в 1779 году.
Большая часть зверей попала сюда благодаря экспедиции в Западную Индию, которую профинансировал императорский дом. Таким образом, зоопарк обогатился пумой, белками и различными видами птиц. Правда, многие животные погибали довольно быстро. Причиной тому был недостаток знаний о том, как их правильно кормить и содержать. Несмотря на это, к XIX веку собрание животных пополнилось верблюдами, слонами и кенгуру. Особенный восторг вызвал у посетителей жираф, который в середине XIX века был привезен из Египта. В то время венская модная индустрия предлагала желающим платья, аксессуары и шляпки "а ля Жирафф". Невзирая на повышенный интерес публики, а может и благодаря нему, жираф умер через 10 месяцев. Нового представителя этого вида приобрели лишь 23 года спустя. Сегодняшний зоопарк может похвастать не только обилием представителей экзотической фауны, но и тем, что сотрудники преуспели в заботе о них. Безусловным достижением является появление на свет двух панд, хотя известно, что эти исчезающие животные крайне неохотно размножаются в неволе.