Церковь Святого Иоанна наряду с Домским собором, Церковью Святого Петра и Церковью Святого Якова считается одной из четырёх самых известных церквей Риги. Сегодня храм принадлежит лютеранам. Архитектурной особенностью внешнего облика церкви является необычная смесь поздней готики, северного Ренессанса, барокко и маньеризма.
В середине XIII века церковь Святого Иоанна была всего лишь небольшой деревянной часовней при доминиканском монастыре. В первый раз она упоминается в городских хрониках в 1297 году в связи с восстанием жителей Риги против монахов ордена святого Доминика. Разгневанные орденской политикой рижане стреляли по крыше этой церкви из катапульты тяжелыми каменными ядрами. В XV веке рижане, недовольные финансовым бременем, наложенным на них монахами, и вовсе разрушили храм, от него остались только главная дверь и крыльцо.
Доминиканцы довольно скоро заново отстроили церковь Святого Иоанна, увенчав ее шпиль петушком, который гораздо быстрее указывал направление ветра по сравнению с флюгерами трёх остальных главных рижских церквей. Мотив нового ступенчатого фронтона был назван «спиной осла» и символизировал преданность Пути Христа: Иисус проповедовал, въехав в Иерусалим верхом на осле.
Через некоторое время членов доминиканского ордена всё-таки выгнали из города, и в этот раз обошлось без кровопролития. Было это так: на Пасху священнослужители и монахи вышли из городских ворот, чтобы в рамках крестного хода обойти крепостную стену, а рижане заперли ворота и не пустили их обратно.
В разгар Реформации католическим церквям пришлось несладко. Рижане ворвались в церковь Святого Иоанна и уничтожили всё её внутреннее убранство. Храм стоял заброшенным и заколоченным, пока его не выкупил старейшина ремесленной гильдии. Он разделил помещение на две части, и в одной устроил конюшню, а в другой — зернохранилище. Император Священной Римской империи Фердинанд I наказал допустивших такое надругательство над Божьим домом членов городского совета Риги астрономическим по тем временам штрафом в 18 тысяч марок серебром. После этого здание церкви какое-то время служило арсеналом, а затем было передано Латышской лютеранской общине.
В 1677 году Ригу охватил невероятно разрушительный пожар. В нём сгорела вся восточная алтарная часть церкви Святого Иоанна. После её восстановления в наружные ниши поставили две статуи, выполненные из песчаника. Иоанн Креститель олицетворял доверчивость и простодушие жителей-лютеран. Саломея стала символом вероломства и коварства католической знати.
В советский период, как ни удивительно, церковь не закрыли. Лютеране регулярно проводили там службы, и храм можно было посетить в любое время.
Внутренний двор церкви Святого Иоанна называется «Яна сета», что переводится как «Иваново подворье». Когда-то доминиканцы выращивали в нём лекарственные растения и сажали яблони. Сейчас в летнее время здесь выставляют столики и стулья из пивного бара по соседству.